בעקבות פטירתו של יו"ר הארגון המיתולוגי, אליעזר שפר התקיימה ישיבת הנהלה בה נבחר דוד בן נאה פה אחד ליו"ר. כמו כן, להנהלת הארגון נבחרו: ד"ר יעקב הדני, עו"ד בנצי שפר, יו"ר בית החולים הרצוג, שמאי קינן, ד"ר יצחק דהן, המשנה לראש עיריית מודיעין, עמיעד טאוב, ד"ר יוסי צדוק, הרב מיכאל שטריק והרב אברהם בן נון.
בעקבות פטירתו של אליעזר שפר ז"ל היו"ר המיתולוגי ומייסד איחוד בתי הכנסת בישראל והארגון העולמי של בתי הכנסת והקהילות האורתודוקסיות נערכו בחירות לתפקיד יו"ר הארגון בהם נבחר פה אחד דוד בן נאה ששימש כיד ימינו של שפר ליו"ר הארגונים.
בן נאה, יקיר ירושלים ויקיר החינוך הדתי. שרת בצה"ל כקצין ומפקד היאחזות. עסק בהקמת מוסדות חינוך ממלכתיים-דתיים, ובהמשך בחינוך יהודי בחו"ל. יזם הקמת גרעינים וישובים ברחבי ישראל – ירוחם, תקוע, מושב קטיף ועוד, וכן את שכונת מצפה נבו במעלה אדומים, שם כיהן כסגן ראש העיר.
כיהן בין השאר כיו"ר המשמרת הצעירה של המזרחי העולמי, כמנכ"ל המחלקה לדור המשך והתנדבות, מנכ"ל המחלקה לחינוך ותרבות תורניים בגולה והמחלקה לשירותים רוחניים. בן נאה מכהן כיום כחבר בהנהלת ההסתדרות הציונית העולמית.
כמו כן נבחרה הנהלת הארגון בה יהיו חברים: ד"ר יעקב הדני – לפנים: ראש החינוך הדתי, יקיר העיר ירושלים ויו"ר מכללת ליפשיץ. עו"ד בנצי שפר – מנכ"ל משרד עו"ד עצמאי ובנו של אליעזר ז"ל, שמאי קינן – יו"ר בית החולים הרצוג ומנכ"ל היכל שלמה לשעבר, ד"ר יצחק דהן – מהמחלקה לסוציולוגיה באוני בר אילן ולשעבר בכיר בהסתדרות הציונית העולמית, עמיעד טאוב – המשנה לראש עיריית מודיעין ומנכ"ל 'עט תקשורת', ד"ר יוסי צדוק, הרב והפסיכולוג מיכאל שטריק והרב והסופר אברהם בן נון.
בן נאה הנרגש הודה לחברים על האמון ואמר: "זוהי זכות גדולה עבורי להמשיך בדרכו הייחודית של אליעזר שפר ז"ל. יחד עם החברים נעשה הכל להמשיך להגדיל תורה ולהאדירה, לחבר את הקהילות האורתודוקסיות בארץ ובעולם ולרומם את מעמדם של בתי הכנסת בישראל".
